כבר עם עליית הנאצים לשלטון בגרמניה ולאורך כל מלחמת העולם השנייה נמצאו מי שתיעדו את האירועים בזמן התרחשותם, פעמים רבות בתנאים קשים ביותר. עם תום המלחמה הוקמו במקומות רבים בעולם מרכזי תיעוד וגביית עדויות: במינכן, בוורשה, בלודז', בלובלין, בפריז, בברטיסלבה, בבודפשט ובמקומות רבים אחרים. המסמכים הראשונים הגיעו אל יד ושם מן ה"וועדות ההיסטוריות", ממרכזי התיעוד השונים וכן מגופים ציבוריים, מחוקרים ומאנשים פרטיים. החומר שנאסף בארץ הצטרף לתיעוד שאספו יהודים תוך כדי המלחמה, בגטאות, במחנות ובמסתור. מאז הקמתו פועל הארכיון באופן יזום במטרה לאסוף ולצלם מסמכים הנוגעים לגורלם של היהודים ושמורים בארכיונים השונים באירופה ובעולם. עם נפילת 'מסך הברזל' ופתיחת הארכיונים שבמזרח אירופה בסוף שנות ה-80 של המאה הקודמת, הורחב מאוד מפעל הצילום. בארכיון ניתן למצוא מסמכים, רשימות מתקופת השואה, תצלומים.
בספרייה הלאומית שמורים פריטים רבים הקשורים לשואה, ובמיוחד כאלה הקשורים למקומו של הספר בימים של אימה וחורבן.
החומרים מגוונים ומאירים צדדים שונים: הצלת ספרים ערב השואה ובמהלכה, פעילות ההוצאה לאור של ספרים עבריים בארצות שתחת הכיבוש הנאצי, מאמצי ההצלה של ספרים וכתבי-יד מיד לאחר השואה, פריטים הקשורים לקהילות וליחידים שהושמדו בשואה, וספרים של יחידים ששרדו כדי לספר ולהזכיר: ספרי זיכרונות, ספרי עדות ועוד.
כמו כן שמורים בספרייה צילומים, ארכיונים אישיים של שורדי שואה, מוזיקה מהתקופה ותיעוד בעל פה.
תעודות ארכיוניות וחפצים ייחודיים שנוצרו בגטאות, במחנות ריכוז ובמקומות מסתור בימי מלחמת העולם השנייה מספרים באופן ייחודי על הזוועה שהתרחשה בימי רצח העם היהודי. את מכלול התיעוד הזה משלימים פריטים שנוצרו על ידי שארית הפליטה, העקורים והמעפילים שלא איבדו את התקווה והרצון לחיים.
מארכיוני הספרייה הלאומית. הארכיון של צייד הנאצים טוביה פרידמן (2011-1922), המכיל שפע חומרים על פעילותו של פרידמן נגד פושעים נאצים, על מגעיו עם אישים ומוסדות ברחבי העולם, ועל מפעלו לתיעוד והשואה והנצחתה במסגרת המכון שהקים בחיפה, עיר מגוריו. באדיבות הספרייה הלאומית.
ספריית וינר לחקר התקופה הנאצית והשואה
אוסף המכיל מגוון רחב ביותר של מסמכים ארכיוניים, עלונים, כתבי עת וספרי מחקר. הארכיון כולל אלפי מסמכים מהתקופה הנאצית, הנוגעים בעיקר לשואת יהודי אירופה ולגורלן של קהילות ופליטים יהודים לאחר המלחמה כמו גם עדויות ומסמכים ממשפטי נירנברג.
